Sytuację Adamsa pogorszyła decyzja o zwolnieniu sekretarza stanu Timothy’ego Pickeringa i sekretarza wojny Jamesa McHenry’ego, którzy byli bliskimi przyjaciółmi przywódcy federalistów – Alexandra Hamiltona. Doprowadziło to do rozłamu w Partii Federalistycznej i urzędującego prezydenta nie poparł żaden z jej liderów. Mimo tego zdecydował się wziąć udział w wyborach, a kandydatem na wiceprezydenta został Charles Pinckney.
Sytuację osłabionego obozu rywali wykorzystała Partia Demokratyczno-Republikańska. Jako kandydata na prezydenta wystawili Thomasa Jeffersona, a jego zastępcą miał być Aaron Burr. Jefferson sprzeciwiał się polityce Adamsa i głosił ograniczenie władzy federalnej, poprzez zwiększenie kompetencji władz stanowych. Nie zgadzał się także na rozbudowę marynarki wojennej i utrzymywania stałej armii, zamiast której wolał milicję miejską.
Kampania była przeprowadzana w wyjątkowo wrogiej atmosferze – oba obozy obrzucały się wyzwiskami i oszczerstwami. Prym wiodła w tym prasa federalistyczna, oskarżając Jeffersona o skrajny ateizm i libertynizm. Zwolennicy republikanów zarzucali Adamsowi sprzyjanie monarchizmowi.