Od 15 grudnia 2013 połączenia Grudziądz – Malbork ponownie obsługuje spółka Polregio„PR wracają na odcinek Malbork-Grudziądz”. Kurier Kolejowy, 3 grudnia 2013.. W latach 2013–2015 zmodernizowano odc. Toruń Wschodni – Chełmża. Modernizacja obejmowała wymianę nawierzchni, wymianę urządzeń SRK i budowę nowych peronów. W wyniku modernizacji prędkość podniesiono do 90–110 km/h (przed modernizacją obowiązywała szybkość 50–80 km/h).
Pogarszający się stan techniczny linii na odcinku Chełmża – Grudziądz spowodował oprócz tego konieczność obniżenia prędkości drogowej z 80 do 50 km/h, a docelowo, dzięki pracom remontowym sfinansowanym z w ramach Regionalnego Programu Operacyjnego Województwa Kujawsko-Pomorskiego na lata 2007–2013, dokonano podniesienia prędkości do 100 km/h.
W sierpniu 2016 ogłoszono przetarg na prace rewitalizacyjne w ramach Regionalnego Programu Operacyjnego na odcinku Gardeja – Malbork (55 km) w systemie projektuj i buduj, natomiast na odcinku Grudziądz – Gardeja przetarg na wymianę podkładów z powodu złego stanu technicznego torowiska i konieczności wprowadzenia ograniczeń prędkości do 20–30 km/h. 12 maja 2017 podpisano umowę na rewitalizację z konsorcjum firm NDI i Pomorskie Przedsiębiorstwo Mechaniczno-Torowe.