Po spaleniu rodzinnej Białej przez stronników Maksymiliana w 1588, przeprowadził się do nowo zakupionych Gierałtowic.
W 1588–1590 został sekretarzem królewskim Zygmunta III Wazy. Poseł na sejm 1590/1591 roku z ksiestwa oświęcimsko-zatorskiegoPosłowie ziemscy koronni 1493–1600, pod red. Ireny Kaniewskiej, Warszawa 2013, s. 335.. W 1595 roku był deputatem do Trybunału Głównego Koronnego. Podczas walk pomiędzy Zamoyskim a królem przeszedł na stronę regalistów. W tym okresie (1595) przeszedł na katolicyzm. Zmarł w Krakowie.
Twórczość literacka Zbiór jego wierszy łacińskich pod tytułem Carminum liber wydano w Krakowie w 1588. W 1597 wydał dzieło zatytułowane Kronika polska Marcina Bielskiego nowo przez ... syna jego wydana (popularny podręcznik historii w XVII i w XVIII w.). Była to wersja Kroniki wszytkiego świata autorstwa jego ojca, Marcina Bielskiego. Joachim doprowadził kronikę do 1586 do czasów Zygmunta III Wazy. Jest także autorem Dalszego ciągu kroniki polskiej dotyczącego lat 1587–1598, odnalezionego przez F.M. Sobieszczańskiego, gdzie opisał ostatnie 10 lat dziejów Polski.
Nowe utwory Joachima Bielskiego odnalazł też W. Bieńkowski.