W takim stanie pałac zachował się do XIX wieku.

Czasy Jana Pawła Woronicza Pałac otrzymał nowy kształt za czasów biskupa Jana Pawła Woronicza (był biskupem krakowskim w latach 1815–1829) który pełnił także funkcję prymasa Królestwa Polskiego, arcybiskupa metropolity warszawskiego oraz radcy stanu Księstwa Warszawskiego. Był również poetą i romantykiem silnie związanym z Czartoryskimi, krzewicielami romantycznej idei narodowo-wyzwoleńczej. Jan Paweł Woronicz napisał m.in. poemat Świątynia Sybilli z dedykacją dla wówczas księżnej Izabeli Czartoryskiej. Na wzór założonych przez nią w Puławach zbiorów pamiątek związanych z historią Polski oraz dzieł sztuki polskiej i powszechnej biskup urządził w pałacu romantyczne muzeum poświęcone dziejom ojczyzny. Najważniejszym miejscem był tzw. Gabinet Historyczny, kryjący m.in. część szczątków Bolesława Chrobrego. Ściany zdobiły cykle obrazów o tematyce historycznej pędzla Michała Stachowicza i Franciszka Smuglewicza. Ponadto pałac został rozbudowany przez Szczepana Humberta. W takim stanie pałac dotrwał do drugiej połowy lipca 1850 roku, kiedy to w wyniku wielkiego pożaru Krakowa pałac uległ znacznym zniszczeniom. Udało się uratować z pożogi m.in.