Obecność mikrobioty płucnej może być związana z występowaniem takich chorób jak przewlekła obturacyjna choroba płuc, mukowiscydoza i rozstrzenie oskrzeli.
Prawie u całej populacji: Aerococcus viridans Moraxella catarrhalis Streptococcus grupy A Neisseria sicca i flava Staphylococcus epidermidis Streptococcus salivarius Streptococcus pneumoniae (50–60% ludzi)
Jama ustna Występuje tu około 200 gatunków hodowlanych. W tym należące do rodzajów: Actinomycetes Corynebacterium Candida (30–50% ludzi) Enterococcus Lactobacillus Streptococcus np.: Streptococcus mutans, Streptococcus pneumoniae, Streptococcus pyogenes, Streptococcus salivarius Staphylococcus np.: Staphylococcus epidermidis, Staphylococcus aureus oraz bezwzględne beztlenowce: Bacteroides Fusobacterium Peptostreptococcus czy takie gatunki jak: Neisseria meningitidis
Przewód pokarmowy W przełyku występuje bardzo niewiele drobnoustrojów.
Żołądek W żołądku może występować Candida albicans, Bacillus subtilis, Lactobacillus, paciorkowce zieleniące. U niektórych osób występuje Helicobacter pylori bez objawów chorobowych, nie ma jednak jednomyślności w sprawie zakwalifikowania drobnoustroju do flory fizjologicznej lub nie.