Od października 1934 roku była zatrudniona jako asystentka w Katedrze Gleboznawstwa na Wydziale Rolniczym Uniwersytetu Jagiellońskiego. Kończyła w tym okresie przygotowania do obrony rozprawy doktorskiej pod kierunkiem Władysława Szafera; praca, na podstawie której w styczniu 1935 roku uzyskała stopień doktora filozofii, nosiła tytuł Historia kilku torfowisk podlaskich w świetle analizy pyłkowej. W 1937 roku Maria Amouraux przeszła do pracy w Katedrze Uprawy i Hodowli Warzyw Szkoły Głównej Gospodarstwa Wiejskiego w Warszawie, gdzie była kolejno asystentem i adiunktem. Już po wybuchu II wojny światowej, w październiku 1939 roku wyszła za mąż za ziemianina Jana Kozłowskiego, wraz z którym osiadła w majątku rodziców Luborzyca w ziemi miechowskiej. Oboje małżonkowie współpracowali z ruchem oporu, a także udzielali pomocy profesorom krakowskiego uniwersytetu, dostarczając im do domów żywność. W maju 1944 roku Jan Kozłowski zginął z rąk gestapo, rozstrzelany przy ulicy Botanicznej w Krakowie.