Zawodowo związany z UMK, na którym doszedł do stanowiska profesora zwyczajnego. W latach 1995–1997 był zastępcą dyrektora Instytutu Historii i Archiwistyki UMK, od 1998 do 1999 – dyrektorem tej jednostki. W latach 1999–2002 pełnił funkcję dziekana Wydziału Nauk Historycznych, a od 2002 do 2008 prorektora UMK ds. dydaktyki (2002–2005) i ds. kształcenia i kadr (2005–2008). 28 marca 2008 został wybrany na rektora uniwersytetu. Zakończył urzędowanie z dniem 1 września 2012, kiedy to na tym stanowisku zastąpił go Andrzej Tretyn.
Zajmuje się historią Kościoła katolickiego w Polsce średniowiecznej, a także dziejami duchowieństwa w Zakonie Krzyżackim. Prowadził badania między innymi w Wiedniu i Berlinie. Współpracował z Instytutem Maxa Plancka w Getyndze. Trzykrotnie (1994, 1996 i 1999) był powoływany na członka Komisji Historii Porównawczej Kościołów przy Polskiej Akademii Nauk. W 2015 objął funkcję prezesa Towarzystwa Naukowego w Toruniu. Autor około 300 prac naukowych, w tym kilkunastu książek i ponad dwudziestu tomów studiów.
W 2014 przeciwko Andrzejowi Radzimińskiemu pojawiły się publiczne zarzuty o naruszenia praw autorskich kilku innych osób przez niewłaściwe stosowanie zapożyczeń w jego książce Kobieta w średniowiecznej Europie z 2012.