W 2001 roku już w nowym składzie grupa zarejestrowała demo pt. Promo 2001 oraz rok później Demo 2002 zawierające muzykę inspirowaną thrash i death metalem oraz muzyką elektroniczną. Również w 2002 roku Kowanek wystąpił gościnnie na płycie formacji Thy Disease pt. Cold Skin Obsession. W 2003 w Dominik Home Studio zespół zarejestrował trzeci album zatytułowany Twisted Logic, wydany 25 lipca tego samego roku nakładem Empire Records. Adrian Kowanek o procesie twórczym:
W 2004 roku wystąpił gościnnie na albumie krakowskiej grupy blackmetalowej Crionics pt. Armageddon’s Evolution w utworze „Dept. 666”. Wydawnictwo ukazało się nakładem wytwórni muzycznej Candlelight Records.
Decapitated Latem 2005 roku wokalista dołączył do krośnieńskiej grupy Decapitated, w której zastąpił wieloletniego wokalistę Wojciecha „Saurona” Wąsowicza, który poświęcił się studiom na Uniwersytecie Jagiellońskim. Tego samego roku w białostockim Hertz Studio zespół zarejestrował album pt. Organic Hallucinosis, który ukazał się w 2006 roku nakładem Earache Records. Kowanek odbył też wraz z Decapitated szereg tras koncertowych, m.in. Blitzkrieg 3 Tour, Annihilation Of The Wicked Tour czy Organic Hallucinosis European Tour. Muzyk wziął ponadto udział w realizacji teledysku do utworu „Day 69” promującego album.