W Logroñés grał do 1994 roku i rozegrał dla tego klubu 107 spotkań.
Latem 1994 Lopetegui został rezerwowym bramkarzem FC Barcelona, w której sporadycznie zastępował Carlesa Busquetsa. W zespole „Blaugrany” zadebiutował 30 kwietnia 1995 w meczu przeciwko Sevilli (2:4). Z Barceloną nie odniósł większych sukcesów w lidze i przez 3 lata rozegrał tylko 5 spotkań dla klubu z Camp Nou.
W 1997 roku Julen przeszedł do Rayo Vallecano. Przez dwa sezony grał z nim w Segunda División, a w 1999 roku wywalczył awans do pierwszej ligi. Przez trzy kolejne lata bronił na zmianę z Amerykaninem Kaseyem Kellerem, a w sezonie 2001/2002 z Imanolem Etxeberrią. Latem 2002 zakończył karierę zawodniczą w wieku 36 lat.
Kariera reprezentacyjna W reprezentacji Hiszpanii Lopetegui zadebiutował 23 marca 1994 roku w przegranym 0:2 w Walencji towarzyskim spotkaniu z Chorwacją. W tym samym roku został powołany przez Javiera Clemente do kadry na mistrzostwa świata w USA, jednak nie zagrał tam w żadnym spotkaniu i był rezerwowym dla Andoniego Zubizarrety. W kadrze narodowej rozegrał jedno spotkanie.
Kariera trenerska Latem 2009 roku był kandydatem na trenera UD Logrones, jednak posadę zdobył wtedy Josip Visnjic.