Po powrocie do Rosji w 1869 został docentem chorób nerwowych i umysłowych w Szpitalu Nowojekaterińskim. Od 1870 do 1884 prowadził klinikę chorób neurologicznych, w 1873 został profesorem nadzwyczajnym a w 1880 profesorem zwyczajnym. W 1886 założył Klinikę Psychiatrii, w 1890 Moskiewskie stowarzyszenie neuropatologów i psychiatrów którego został pierwszym przewodniczącym. W tym samym roku założył nową klinikę chorób neurologicznych, której dyrektorem pozostał do 1900 roku. W rozwoju tej ostatniej kliniki istotny udział miał młody asystent Kożewnikowa, Siergiej Korsakow. Obok Korsakowa, uczniami Kożewnikowa byli Władimir Roth, Grigorij Rossolimo, Liwierij Darkszewicz, Władimir Muratow, Łazar Minor i Edward Flatau.
W 1900 założył czasopismo neuropsychiatryczne „Żurnał newropatołogii i psichiatrii imieni S.S. Korsakowa”.
Kożewnikow zmarł w 1902 roku w wieku 66 lat z powodu przerzutów raka gruczołu krokowego. Chorował przez ostatnie trzy lata życia. Po śmierci jego mózgowie badano w Moskiewskim Instytucie Badań Mózgu; ważyło 1520 g.