Pfeifenberger w sezonie 1993/94 dotarł z Salzburgiem do finału Pucharu UEFA, w którym austriacki klub przegrał dwukrotnie 0:1 z włoskim Interem Mediolan. Po raz pierwszy w karierze został mistrzem Austrii, a zdobywając 14 goli w lidze został królem strzelców wraz z klubowym kolegą Nikolą Jurčeviciem. Latem zdobył Superpuchar Austrii, a następnie awansował z Salzburgiem do fazy grupowej Ligi Mistrzów. Za rok 1994 otrzymał nagrodę dla piłkarza roku w Austrii (APA-Fußballerwahl).
W sezonie 1994/95 obronił ze swoim klubem tytuł mistrzowski, a latem 1995 zdobył kolejny Superpuchar. W sezonie 1995/96 także występował w Casino Salzburg, ale nie osiągnął z nim sukcesu w lidze i bronił się przed spadkiem do drugiej ligi.
Latem 1996 Pfeifenberger przeszedł do niemieckiego Werderu Brema. W niemieckiej Bundeslidze zadebiutował 17 sierpnia w przegranym 2:3 wyjazdowym meczu z SC Freiburg. Swoją pierwszą bramkę na niemieckich boiskach zdobył 19 października w spotkaniu z Karlsruher SC, wygranym przez bremeńczyków 3:1. W Werderze występował w pomocy, zdobył 3 gole i zajął 8. miejsce. W sezonie 1997/98 jako rezerwowy strzelił 2 bramki, a Werder był siódmy w lidze.