Zespół wydał dwa kolejne albumy, studyjny Portishead i koncertowy Roseland NYC Live, po czym, w 1999 roku, zawiesił działalność.
W 2000 roku wyprodukował album Textile Lunch zespołu Flanagan-Ingham Quartet, a w 2002 był dodatkowym producentem albumu Beth Gibbons i Paula Webba, Out of Season.
W 2003 roku uczestniczył jako multiinstrumentalista (kontrabas, gitara akustyczna, gitara basowa, gitara elektryczna, sampling, syntezator, fortepian dziecięcy) w nagrywaniu albumu Before the Poison Marianne Faithfull, który wyszedł w styczniu 2005 roku.
W 2005 roku wspólnie z Geoffem Barrowem wyprodukował album The Invisible Invasion zespołu The Coral. W tym samym roku członkowie Portishead ponownie spotkali się by nagrać utwór „Un Jour Comme un Autre (Requiem for Anna)” przeznaczony na tribute album w hołdzie Serge’owi Gainsbourgowi.
W 2008 roku ukazał się trzeci album Portishead, Third.
W 2010 roku wspólnie z Willem Gregorym z zespołu Goldfrapp skomponował ścieżkę dźwiękową do filmu niemego z 1928 roku Męczeństwo Joanny d’Arc w reżyserii Carla Theodora Dreyera. Muzykę wykonał zespół gitar elektrycznych (z udziałem Utleya), głosów, syntezatorów, instrumentów dętych blaszanych, harfy i perkusji, pod batutą prezentera BBC Charlesa Hazlewooda. W październiku następnego roku utwór miał swoją premierę w Stanach Zjednoczonych.