Uważa się, że w przypadku skolonizowania szpitala, bakterii nie da się już z niego wyeliminować.
Chorobotwórczość Bakteria jest w stanie wywołać chorobę tylko u pacjentów z osłabioną odpornością (AIDS, ciężka choroba podstawowa, stan po przeszczepie). U takich osób śmiertelność przekracza 40%. Czynnikiem predysponującym jest dłuższa hospitalizacja, zastosowane rurki intubacyjne, cewniki (ze względu na tworzenie biofilmu), czy oddychanie za pomocą respiratora. Główne przypadki z których izolowano tą bakterię to: bakteriemia, zakażenie ran, zapalenie opon mózgowo-rdzeniowych, infekcje dróg moczowych, zapalenie płuc. Stenotrophomonas maltophilia znajduje się w pierwszej dziesiątce patogenów powodujących zakażenia wewnątrzszpitalne.
Czynniki zjadliwości proteazy, m.in.: elastaza hialuronidazy lecytynaza deoksyrybonukleaza lipazy (niszczenie miąższu płucnego) LPS fimbrie – powodują one tworzenie biofilmu, który znacznie utrudnia fagocytozę bakterii dwie silne beta-laktamazy, rozkładające antybiotyki