W 1997 roku organizacja nabyła dużą ilość broni poprzez przemyt z Albanii, po rebelii, w trakcie której organizacje rebelianckie zdobyły dużą ilość uzbrojenia zrabowanego z posterunków albańskiej policji i armii. Na początku 1998 roku ataki UÇK przeciwko władzom jugosłowiańskim w Kosowie doprowadziły do wzrostu obecności serbskich oddziałów paramilitarnych i regularnej armii, które następnie rozpoczęły kampanię odwetową wymierzoną w sympatyków UÇK i przeciwników politycznych; w ramach tej kampanii zginęło od 1500 do 2000 cywilów i bojowników UÇK (np. masakra w Raczaku 15 stycznia 1999 roku), a do marca 1999 roku przesiedlono 370 000 Albańczyków z Kosowa.
20 marca 1999 roku siły jugosłowiańskie rozpoczęły masową kampanię represji i wydalania Albańczyków z Kosowa po wycofaniu się misji OBWE w Kosowie i niepowodzeniu proponowanego porozumienia z Rambouillet. W odpowiedzi NATO rozpoczęło interwencję zbrojną, przeprowadzając kampanię bombardowań lotniczych, która rozpoczęła się 24 marca, uzasadniając ją jako „wojnę humanitarną”. Wojna zakończyła się porozumieniem z Kumanowa podpisanym 9 czerwca 1999 roku, na mocy którego siły jugosłowiańskie i serbskie zgodziły się wycofać z Kosowa, ustępując miejsca siłom międzynarodowym (KFOR). Siły lądowe NATO wkroczyły do Kosowa 12 czerwca.