2 listopada 1993 roku Nilsen podpisał kontrakt z angielskim Sheffield United, który zapłacił za niego 550 tysięcy funtów. 6 listopada zadebiutował w Premiership w przegranym 1:2 domowym meczu z Norwich City. W Sheffield od początku występował w pierwszym składzie, jednak w 1994 roku spadł z nim do Division One. Na drugim szczeblu rozgrywek w Anglii Nilsen występował z Sheffield przez blisko 4,5 roku, ale nie udało się United powrócić do Premieship. 26 marca 1999 przeszedł za darmo do Tottenhamu Hotspur, jednak zaliczył tam tylko 3 spotkania. Latem odszedł do austriaackiego Grazer AK i zdobył z nim Puchar Austrii.
W 2000 roku Roger wrócił do Norwegii. Został piłkarzem Molde FK, z którym zajął 7. miejsce w lidze, a w 2001 – 5. W 2002 roku odszedł do Bryne FK, z którym w 2003 roku spadł do drugiej ligi. Karierę kończył w Stavanger IF w 2004 roku.
Kariera reprezentacyjna W reprezentacji Norwegii Nilsen zadebiutował 31 października 1990 roku w wygranym 6:1 towarzyskim meczu z Kamerunem. W 1994 roku został powołany przez selekcjonera Egila Olsena na Mistrzostwa Świata w USA, na których nie wystąpił w żadnym spotkaniu. Ostatni mecz w kadrze rozegrał w 2000 roku przeciwko Szwecji (1:1).