Gdy w 1949, tuż za cmentarnym ogrodzeniem zaczęto wznosić pierwsze osiedla Nowej Huty, cmentarz stał się miejscem spoczynku pierwszych mieszkańców nowego miasta. Z lat 50. XX wieku pochodzi duża kwatera dziecięcych grobów, zwłaszcza noworodków i niemowląt. Z chwilą otwarcia Cmentarza Grębałowskiego w 1964, Rada Narodowa w sposób nieprawomocny zamknęła cmentarz w Mogile. Od tego momentu grzebani byli tutaj jedynie ci, którzy posiadali na tym cmentarzu rodzinne groby bądź grobowce, co powodowało sprzeciwy ze strony mieszkańców pobliskich bloków. W latach 80 cmentarz został ponownie otwarty na skutek działań podjętych przez lokalną społeczność. Po przemianach ustrojowych w latach 90. ojcowie Cystersi przeprowadzili inwentaryzację istniejących mogił, a zebrane przy tej okazji fundusze zostały wykorzystane na sporządzenie mapy cmentarza oraz budowę alei głównej. W chwili obecnej pogrzeby na cmentarzu odbywają się regularnie. W 2009 roku został wzniesiony i poświęcony nowy krzyż cmentarny zaprojektowany przez Marka Kordyacznego. Od 1 listopada 2011 roku z powodu wzrostu natężenia ruchu drogowego nie odbywają się kondukty pogrzebowe z kościoła parafialnego na cmentarz. Od roku 2011 prowadzona jest wymiana drzewostanu. W roku 2013 został wybudowany wjazd na cmentarz od strony ul.