Wkrótce Ateny rozpoczęły regularną wojnę ze Spartą i jej sprzymierzeńcami. W 457 p.n.e., tuż przed bitwą pod Tanagrą w Beocji, Kimon przybył z wygnania do Aten, prosząc o pozwolenie na walkę u boku swych rodaków. Nie zgodzono się, ale, jak mówi jeden z przekazów, wkrótce potem wezwano go do powrotu do Aten. Po powrocie z wygnania w 451 p.n.e. udało mu się przynajmniej częściowo odzyskać wpływy – prowadził negocjacje ze Spartą zakończone podpisaniem rozejmu pięcioletniego (451–446 p.n.e.). Stale myśląc o zniszczeniu potęgi perskiej, wydał dekret o poborze w celu zorganizowania kampanii przeciw Egiptowi, podlegającemu Persom, i przeciw wyspie Cypr, a w 450 p.n.e. otrzymał dowództwo wielkiej floty (200 trier), na czele której podjął kolejną ofensywę przeciw Persji. Odniósł zwycięstwo nad flotą nieprzyjaciela w pobliżu Cypru i obległ Fenicjan w Kition na Cyprze. Tam też zmarł w czasie walki albo na skutek choroby. Podobno fakt jego śmierci przez pewien czas utrzymywano w tajemnicy. Flota powróciła do Aten ze zwłokami wielkiego wodza.