Na początku 1987 roku Bratseth po rozegraniu 83 meczów i zdobyciu 2 goli dla Rosenborga w końcu trafił do Niemiec i podpisał kontrakt z Werderem. W Bundeslidze swój pierwszy mecz zaliczył 21 lutego przeciwko 1. FC Nürnberg – Werder przegrał w nim 1:5. W kwietniowym spotkaniu z Bayerem 04 Leverkusen zdobył pierwszego gola na niemieckich boiskach i zarazem jedynego w meczu. Już w 1988 roku Rune przyczynił się do wywalczenia przez Werder tytułu mistrza Niemiec - w mistrzowskim sezonie zaliczył 31 spotkań. W 1989 roku dotarł z Werderem do finału Pucharu Niemiec, ale trofeum to zdobyła Borussia Dortmund pokonując bremeńczyków 4:1. W 1990 roku Norweg znów zagrał w finale i tym razem Werder uległ 2:3 1. FC Kaiserslautern. W 1991 roku w końcu świętował zdobycie Pucharu Niemiec, a w 1992 roku zespół dotarł do finału Pucharu Zdobywców Pucharów. W nim Werder pokonał 2:0 AS Monaco, a Bratseth stał się pierwszym norweskim piłkarzem, który sięgnął po europejskie trofeum. W 1993 roku norweski obrońca drugi raz został mistrzem Niemiec, a w sezonie 1993/1994 wystąpił w fazie grupowej Ligi Mistrzów. Zdobył także swój drugi w karierze krajowy puchar. Dużą część sezonu 1994/1995 opuścił z powodu kontuzji i wystąpił tylko w marcowym meczu z Freiburgiem. Spotkanie to było jego ostatnim w karierze i niedługo potem zakończył karierę.