wreszcie latem 1531, wraz z większą grupą holenderskich protestantów, przyjął zaproszenie księcia pruskiego Albrechta i osiadł w Elblągu. Przyjazd Gnapheusa i towarzyszy spotkał się z protestami biskupa warmińskiego Maurycego Ferbera, który przewidywał rychłe pozyskanie dla sprawy reformacji Rady Miejskiej Elbląga i samych elblążan, co rzeczywiście nastąpiło.
Gnapheus obok aktywności duszpasterskiej prowadził działalność pedagogiczną, udzielając lekcji synom zamożnych mieszczan, za jego też sprawą Rada Miejska postanowiła stworzyć humanistyczną uczelnię w duchu protestantyzmu. Do uroczystego otwarcia placówki, nazwanej Gimnazjum Akademickim w Elblągu, doszło 29 września 1535, a Gnapheus objął funkcję rektora Gimnazjum. Szkoła kształciła w dziedzinie filozofii i łaciny oraz początków greki, medycyny, prawa i teologii, zyskując uznanie także poza Prusami, głównie dzięki działaniom rektora. W ramach promocji szkoły wystawiał on swoje sztuki teatralne, prezentując je szerszej publiczności w Elblągu i dbając o obecność notabli, m.in. księcia Albrechta i biskupa chełmińskiego Jana Dantyszka. We wrześniu 1536 Gnapheus wystawił sztukę Acolastus na Sejmiku Generalnym w Elblągu. Latem 1540 zorganizował na ulicach i rynku elbląskim przedstawienie plenerowe Triumphus eloquentiae, traktujące o zejściu muz z Olimpu do Elbląga.