Stolicą prowincji Prusy Południowe został Poznań.
Podział administracyjny w latach 1795–1807 III rozbiór Polski spowodował reorganizację podziału terytorialnego ziem zajętych przez Prusy. Powiaty dobrzyńskie i mazowieckie na prawym brzegu Wisły przyłączono do Prus Nowowschodnich. Pozostały obszar Prus Południowych wraz z zagarniętymi w III rozbiorze obszarami lewobrzeżnego Mazowsza podzielono na 3 departamenty, przenosząc siedzibę władz prowincji z Poznania do Warszawy. Ponadto w 1796 roku zmieniono granice powiatów, które w znacznej części na obszarach Księstwa Warszawskiego i Królestwa Polskiego przetrwały do reformy rosyjskiej z 1867 roku.
Podział na inspekcje podatkowe 1793–1795 Inspekcjom podatkowym podporządkowano miasta. Wszystkie miasta zostały wydzielone z powiatów i nie podlegały władzy landartów. Na czele inspekcji stał radca podatkowy.
Podział na inspekcje podatkowe 1795–1807
Wykaz miast 1800Holsche A C. von: Geographie und Statistik von West-, Süd- und Neu-Ostpreussen, nebst einer kurzen Geschichte des Königreichs Polen bis zu dessen Zertheilung.