Dywizjon był jednostką mobilizującą. Zgodnie z planem mobilizacyjnym "W", w okresie zagrożenia, w grupie jednostek oznaczonych kolorem zielonym, formował cztery pododdziały: 1 Morski dywizjon artylerii przeciwlotniczej (dowództwo, 4 baterie artylerii przeciwlotniczej stałe x 2 armaty, plutony: łączności, dozorowania, kompania km plot. 1 morskiego daplot.) kompania karabinów maszynowych przeciwlotniczych typ B nr 1 marynarska, morska kompania reflektorów przeciwlotniczych, XI bateria 100 mm armat Canet,
natomiast w grupie „brązowej 2" wystawiał uzupełnienie dla wymienionych wyżej jednostek. Ponadto, do czerwca 1939 roku, mobilizował również 1 morski pluton żandarmerii.
1 Mdaplot. w kampanii wrześniowej We wrześniu 1939 roku dywizjon został użyty do obrony przeciwlotniczej zespołu portowego w Gdyni, a także do wsparcia wojsk lądowych ogniem prowadzonym do celów naziemnych oraz do obrony przeciwdesantowej Wybrzeża. Według oceny dowódcy, 70% amunicji wystrzelono przeciw celom lądowym. 1 września rano jako pierwszy na wybrzeżu ogień do 3 niemieckich wodnopłatowców He 60 otworzyły baterie 1 Mdaplot., które prowadziły rozpoznanie wód zatoki i portów. O godz. 6.15 baterie dywizjonu ostrzeliwały atakujące Puck 30 samolotów He 111 i 12 Bf 110, w wyniku ostrzału jeden Bf 110 został zestrzelony, a drugi uszkodzony. Ok. godz.