Geologia Wdżar jest szczególnie interesujący z geologicznego punktu widzenia. Jest bowiem jednym z kilku miejsc w okolicy (oprócz np. gór Jarmuty i Bryjarki), gdzie można spotkać magmową skałę wulkaniczną – andezyt pieniński. Ze względu na wyjątkową budowę geologiczną Wdżar jest przedmiotem szczegółowych badań naukowych od ponad 100 lat. Pierwotnie obszar ten zbudowany był z osadów fliszowych (piaskowce i łupki tzw. formacji szczawnickiej, należące do utworów płaszczowiny magurskiej). W miocenie w osady te dwukrotnie wdzierała się magma – powstało ponad 100 drobnych intruzji andezytów starszych i 3 intruzje andezytów młodszych.
Nietypowy ani dla Pienin, ani dla Gorców andezyt opisano tutaj już w połowie XIX w., zaś w 1921 r. Stanisław Małkowski tak o nim pisał: „...gołym okiem widać dobrze zachowane prakryształy skaleni oraz wydłużone, połyskujące, czarne amfibole i augity, pogrążone w szarym, drobnoziarnistym cieście skalnym”.
Dość częstym chwytem marketingowym jest nazywanie Wdżaru wygasłym wulkanem. Być może góra nieco przypomina stożek wulkaniczny, jednakże nie ma naukowych dowodów na to, że w tym miejscu znajdował się wulkan.