W 1836 roku Zofiówka przeszła pod administrację rosyjskiego Zarządu Kolonii Wojskowych. Po tym okresie zaczęto dodawać nowe budowle, zmieniając charakter parku, który miał mieć wg pierwotnych zamierzeń Potockiego charakter naturalny i sugerujący powstanie bez ingerencji człowieka. W 1841 roku wybudowano Pawilon Chiński oraz altanę zwaną Grzybkiem. W 1842 roku rozpoczęto budowę klasycystycznego Pawilonu Flory i Pawilonu Różowego na wyspie Anti-Circe oraz bramy wjazdowej z dwoma pawilonami odźwiernych. W tym czasie usunięto z parku pomniki Tadeusza Kościuszki i Józefa Poniatowskiego, a na miejscu pierwszego z tych monumentów na Kaukaskiej Górce ustawiono brązowe popiersie carycy Aleksandry.
Zrabowany ogród stanowił własność Mikołaja I do roku 1860, kiedy to całe założenie przekazano przeniesionej tu z Odessy w 1858 roku szkole ogrodniczej, jako Humański Ogród Głównej Szkoły Ogrodnictwa. Został udostępniony dla odwiedzających. Mieczysław Orłowicz w wydanym w 1914 r.