Kariera Następne cztery lata (1812–1816) spędził jako nauczyciel retoryki w Puszy. Były to lata kampanii rosyjskiej Napoleona i przywrócenia przez Piusa VII Towarzystwa Jezusowego na świecie (1814). Kolejne cztery lata (1816–1820) przepracował Roothaan jako nauczyciel i duszpasterz w Orszy. W 1819 złożył profesję zakonną, a w rok później musiał wraz z innymi jezuitami opuścić Rosję (1820). Dotarł do Brig-Glis w Szwajcarii, gdzie uczył retoryki przez kolejne trzy lata. Został mianowany rektorem nowo powstałego kolegium w Turynie i wkrótce potem wiceprowincjałem Włoch (1829).
XXI Kongregacja Generalna Po śmierci Luigiego Fortisa, zwołano XXI Kongregację Generalną, na której, 9 lipca 1829 (w czwartym głosowaniu), wybrano Jan Philippa Roothaana na Przełożonego Generalnego. Zaleceniem kongregacji było, aby generał wzmacniał i stabilizował odradzające się Towarzystwo: nie spieszył się z otwieraniem nowych szkół, wzmocnił duchową i intelektualną formację jezuitów, wznowił dawne praktyki (roczne listy sprawozdawcze, kongregacje prokuratorów co trzy lata, itd), utrzymał łacinę jako język oficjalnej komunikacji, przestrzegał ściśle reguł dopuszczania do profesji, itd.