Płazy i gady Na terenach podmokłych spotkać można żaby – żabę trawną, wodną, oraz ropuchy – ropuchę szarą i zieloną. Występuje tu także rzekotka drzewna, a w okolicach obwodnicy kumak nizinny. W dolinie Odry bardzo rzadko obserwuje się płazy ogoniaste: traszkę zwyczajną i traszkę grzebieniastą. Spośród gadów często spotykane są jaszczurki: zwinkę oraz padalca, a także jadowitą żmiję zygzakowatą. Na wyspie Bolko występują natomiast zaskrońce.
Ssaki Na terenie miasta pojawiają się ssaki owadożerne: rzęsorek rzeczek, ryjówka aksamitna, zębiełek, kret oraz jeż. Spotyka się tu też nietoperze, a także (na obrzeżach) dziki, sarny i zające.
W mieście pojawiają się również bobry, głównie nad Młynówką oraz w okolicy wyspy Pasieka.
Flora
W Opolu występują 23 gatunki roślin chronionych prawem. Jednym z ich głównych skupisk jest wyspa Bolko. Znaleźć można tu barwinka pospolitego, listerę jajowatą, grążela żółtego, śniedka baldaszkowatego oraz śnieżyczkę przebiśnieg. W okolicy Chabrów pojawia się kruszczyk błotny, a w Gosławicach centuria pospolita. We wschodniej części miasta rosną wawrzynek wilczełyko, buławnik mieczolistny, kruszczyk szerokolistny, oraz podkolan biały, natomiast w Grotowicach grążel żółty i zimowit jesienny.