Tak rozpoczęła się integracja polityczna i gospodarczo-społeczna tych ziem z Rzecząpospolitą, choć zachowały one odrębny skarb pruski i prawo sądowe chełmińskie, a od 1598 roku odrębną kodyfikację — Korekturę pruską.
W 1581 r. dzielnica pruska została włączona w polski system podatkowy, a w 1585 r. Trybunał Koronny stał się dla niej instancją apelacyjnąhttps://repozytorium.umk.pl/bitstream/handle/item/1329/SIT.2012.008%2cMallek.pdf?sequence=1.
W roku 1637, po wymarciu dynastii zachodniopomorskich Gryfitów, ziemie lęborska i bytowska, które były jako lenno we władaniu tych książąt od roku 1455, zostały wcielone do Prus Królewskich. W roku 1657, na mocy traktatów welawsko-bydgoskich, zostały przekazane Brandenburgii, formalnie jako lenno Polski (do 1772), ale w rzeczywistości je utracono.
W I rozbiorze Polski (1772) prawie całe Prusy Królewskie zostały zagarnięte przez Królestwo Pruskie (bez Gdańska i Torunia, które stracono w II rozbiorze Polski w 1793 roku). W latach 1808–1824 i 1877–1918 tworzyły osobną prowincję pruską – Prusy Zachodnie (niem. Westpreussen), w skład której wchodziły dawne Prusy Królewskie (bez Warmii) wraz z częścią dawnej Wielkopolski i skrawkiem Prus Książęcych.