Szczątki Filomeny przeniesiono do Kustodii Świętych Relikwii. Tam leżały zapomniane do 1805 roku, kiedy to otrzymał je Franciszek Lucia, misjonarz z MugnanoFrancis Trochu Proboszcz z Ars. Wyd. Dębogóra, 2009. Str. 191,. W Mugnano, w obecności tych relikwii zaczęły się dziać liczne cuda (m.in. uzdrowienia). Spowodowało to wzrost zainteresowania relikwiami, a z czasem rozwój kultu.
Papież Leon XII zezwolił na wzniesienie ołtarzy i kościołów na jej cześć. Papież Grzegorz XVI, 30 stycznia 1837 roku, uroczyście wyniósł Filomenę na ołtarze, nadając pełne prawa jej kultowi w całym katolickim świecie po wszystkie czasy, a dzień jej wspomnienia wyznaczono na 11 sierpnia. Papież Pius IX nadał jej tytuł: „Patronka Dzieci Maryi”. Papież Leon XIII podniósł Bractwo Świętej Filomeny do rangi Arcybractwa i zatwierdził „sznur Świętej Filomeny”, nadając specjalne przywileje i odpusty wszystkim, którzy go noszą. Papież Pius X podniósł Arcybractwo Świętej Filomeny do rangi Powszechnego Arcybractwa i mianował świętego Jana Vianneya jego patronem. W 1912 r. papież św. Pius X zatwierdził wezwanie: „Święta Filomeno, Patronko Dzieci Maryi, módl się za nami!”.