Progimnazjum zostało przekształcone w 6-klasowe Gimnazjum szkołę, która pod nazwą Gimnazjum Mikołajewskie zapisała piękną kartę także w historii Polski, kształcąc i kształtując pokolenie, które odbudowywało polską państwowość. Szkołę ukończyło również wielu wybitnych przyszłych uczonych i polityków litewskich i łotewskich.
W dniu 12 maja 1865 r. cesarz Aleksander II zatwierdził wniosek Rady Państwa o przekształcenie progimnazjum Lipawie w gimnazjum. 27 maja 1865 r. pozytywnie rozpatrzono wniosek o nadanie gimnazjum imienia zmarłego w kwietniu 1865 r. w wieku zaledwie 21 lat następcy tronu Mikołaja Aleksandrowicza, który dwukrotnie odwiedził Lipawę.
Budynek, w którym mieściła się szkoła, zbudował w 1884 architekt P. M. Berči. W gimnazjum pracował twórca współczesnego języka litewskiego Jonas Jablonskis, a uczniami szkoły był m.in. przyszli prezydenci Polski Gabriel Narutowicz oraz Łotwy (na emigracji) Pauls Kalniņš.