W latach 1941–1944 podczas okupacji niemieckiej w szkole mieścił się szpital wojskowy, a 7-klasowa „Szaszkewycziwka” została przeniesiona do prawego skrzydła budynku przy ul. Słowackiego, gdzie przed wojną było ukraińskiego gimnazjum męskie. W okresie okupacji niemieckiej, Ukraińcy zostali pod wieloma względami uprzywilejowani w stosunku do ludności polskiej, wówczas zgodnie z hitlerowską polityką zezwolono Ukraińcom na otwarcie szkoły podstawowej, a także gimnazjum ogólnokształcącego i kupieckiego. Zimową porą 1941/1942 i 1942/1943 przez szereg tygodni szkoły były zamknięte z powodu braku opału i epidemii tyfusu plamistego, a w 1944 roku wszystkie obiekty oświatowe zajęto na cele wojskowe.
1 września 1944 roku szkoła wznowiła działalność. We wrześniu 1945 roku do „Szaszkewycziwki” zapisano 397 uczniów. 1 października 1945 roku szkoły ukraińskie w Przemyślu zostały zamknięte z powodu rozpoczętymi wysiedleniami ludności ukraińskiej do ZSRR. W 1947 roku w wyniku akcji „Wisła” wysiedlono pozostałych Ukraińców na ziemie zachodnie i północne. Pozostali nieliczni, ale władze komunistyczne zlikwidowały wszystkie ukraińskie organizacje społeczne, oświatowe, kulturalne i ekonomiczne.