Wydanie trzecie, znane jako Editio regia, opatrzone zostało w aparat krytyczny, w którym uwzględnionych zostało piętnaście rękopisów. Był to pierwszy krok w stronę naukowej krytyki tekstu. W czwartym wydaniu dokonany został podział ksiąg biblijnych na rozdziały i wiersze. System ten jest stosowany po dziś dzień we wszystkich wydaniach Biblii.
Trzecie wydanie Stefanusa (z 1550 roku), wznowił dziewięciokrotnie Teodor Beza (1519–1605), w latach 1565–1604. Tekst Bezy tylko nieznacznie różni się od tekstu Erazma, mimo że Beza był w posiadaniu rękopisów z V wieku. Wykorzystał je natomiast w aparacie krytycznym, stanowionym przez 17 świadków tekstu Nowego Testamentu (wydanie drugie z 1576 roku), wśród których znajdowała się Poliglota kompluteńska, Kodeks z Clermont, Kodeks Bezy, który reprezentowany był dwukrotnie (po raz drugi jako β Stefanusa) oraz syryjski Nowy Testament, wydany przez Immanuela Tremelliusa w 1569 roku. Wydania Bezy przyczyniły się do popularyzacji tekstu ustalonego przez Stefanusa. Trzecie wydanie Bezy zostało wykorzystane w King James Version.