W drugim wydaniu wykorzystany został nowy rękopis, minuskuł 3. Tym wydaniem posłużył się Luter do swego przekładu.
Najpierw zarzuty padały niemal wyłącznie w odniesieniu do not filologicznych, zarzucano, że są nieprawowierne z punktu widzenia dogmatu katolickiego, sam jednak Kościół zaprzątnięty był w tym czasie innymi problemami. Noty filologiczne skrytykowane zostały jedynie przez teologów z Cambridge i przed nimi Erazm się tłumaczył. Jedyny, postawiony w odniesieniu do tekstu greckiego zarzut, dotyczył braku Comma Johanneum w 1 J 5,7 (Stunica). Erazm odpowiedział, że nie znalazł tego w żadnym greckim rękopisie, ale gdyby rękopis taki został odnaleziony, to natychmiast go wykorzysta. Wkrótce po tym oświadczeniu znalazł się taki rękopis (Codex Montfortianus). Erazm dotrzymał obietnicy i wykorzystał go w wydaniu z roku 1522De Jonge twierdzi, że Erazm nie złożył podobnej obietnicy. Patrz. H.J. de Jonge, Erasmus and the Comma Johanneum, „Ephemerides Theologicae Lovanienses” 1980, s. 381., jednak w Annotationes wyraził swoje wątpliwości, co do autentyczności tego tekstu. Wkrótce po tym wydaniu, ukazała się Poliglota kompluteńska. Była staranniej przygotowana, ale nie spotkała się z równie dobrym uznaniem jak tekst Erazma. Erazm wykorzystał ją do poprawienia swego tekstu, przede wszystkim tekstu Apokalipsy.