6 maja 1809 roku francuska armia w sile 18 000 ludzi przystąpiła do oblężenia miasta. Álvarez dysponował garnizonem złożonym z 5 600 ludzi. Francuzi rozstawili pod miastem 40 baterii (160 dział) i przystąpili do systematycznego bombardowania. W ciągu siedmiu miesięcy wystrzelili na miasto około 20 tysięcy granatów i 60 tysięcy kul armatnich. W sierpniu Francuzi zdobyli zamek, główną pozycję obronną. Niezrażony tym de Castro nakazał budować na ulicach barykady i kopać okopy między domami. Ciężkie walki trwały jeszcze cztery miesiące, aż wyczerpany i chory Alavarez oddał dowodzenie w inne ręce. W dwa dni później, 12 grudnia, nastąpiła kapitulacja. Prawdopodobnie około 10 000 żołnierzy i cywilów poległo w oblężonym mieście. Francuskie straty wyniosło około 15 000, ponad połowę z tego z powodu ran i chorób.
Mimo złego stanu zdrowia, Francuzi wywieźli Álvareza do Perpignan. 9 stycznia 1810 Álvarez został przeniesiony do zamku San Fernando w Figueres, gdzie następnego dnia zmarł na malarię (według Francuzów) lub otruty (według Hiszpanów). Pogrzebano go, owiniętego tylko w prześcieradło, na miejscowym cmentarzu.