Przyczyną było to, iż sala posiedzeń nie mieściła już wszystkich uprawnionych.
1 października 2003 zmieniono nazwę na Wydział Matematyki, Fizyki i Informatyki.
W latach 2018–2019 wybudowano nowy budynek Instytutu Informatyki.
Struktura Jednostki organizacyjne wydziału Matematyki, Fizyki i Informatyki: Instytut Matematyki Zakład Topologii Geometrycznej i Teorii Węzłów Zakład Analizy Matematycznej Zakład Funkcji Rzeczywistych Zakład Matematyki Stosowanej i Probabilistyki Zakład Metod Numerycznych i Równań Różniczkowych Zakład Teorii Mnogości Zakład Topologii Zakład Algebry Zakład Geometrii Zakład Dydaktyki Matematyki Instytut Fizyki Doświadczalnej Zakład Akustyki i Fizyki Jądrowej Zakład Fizyki Atomowej Zakład Spektroskopii Fazy Skondensowanej Zakład Spektroskopii Molekularnej Zakład Fizyki Stosowanej Zakład Dydaktyki Fizyki Instytut Fizyki Teoretycznej i Astrofizyki Zakład Spektroskopii Atomowo-Molekularnej i Astrofizyki Zakład Metod Matematycznych Fizyki Zakład Optyki i Informacji Kwantowej Instytut Informatyki Zakład Optymalizacji Kombinatorycznej Zakład Języków Formalnych Zakład Sztucznej Inteligencji Zakład Inżynierii Oprogramowania Zakład Informatyki Kwantowej