Dobre występy w Czechach zaowocowały przejściem do zespołu Bundesligi – VfL Wolfsburg za 4 miliony euro. Edin Džeko był najlepszym strzelcem drużyny w pierwszej części sezonu 2007/2008 – rozegrał 16 spotkań i strzelił 5 goli. W sezonie 2008/2009 zaliczył wspaniały występ w pucharze Niemiec. VfL Wolfsburg grał z FC Oberneuland i w wygranym 7:0 spotkaniu Džeko strzelił cztery bramki. 6 listopada 2008 w czasie meczu w Pucharze UEFA przeciwko holenderskiemu SC Heerenveen zdobył dla drużyny z Wolfsburga dwa gole. Zielono-biali wygrali ten mecz 5:1, a koszulka Džeki została zlicytowana i sprzedana na charytatywnej aukcji. W sezonie 2008/2009 w 32 meczach Bundesligi zdobył 26 goli, tworząc duet napastników z Grafite, który strzelił o dwie bramki więcej. Wolfsburg zdobył w owym sezonie pierwsze w swojej historii mistrzostwo Niemiec, dzięki czemu zakwalifikował się do Ligi Mistrzów. To pozwoliło Džece zaliczyć swój debiut i strzelić swoje premierowe bramki w elitarnych rozgrywkach.