Miasto sprawowały kontrolę nad miejscowymi plemionami (gł. Nieńcami), na które nałożono obowiązek składania daniny (jasak) w futrach. Mieszkańcy miasta zajmowali się handlem wymiennym z okoliczną ludnością, polowaniami na sobole, żeglugą, rybołówstwem, hodowlą bydła, rzemiosłem (metalurgia, wyroby z kości). Mangazeja stała się celem wypraw wielu rosyjskich kupców, którzy przybywali tu po futra, przywożąc w zamian zachodnioeuropejskie towary.
Upadek miasta zaczął się wkrótce po jego powstaniu. Przyczyniło się do tego zamknięcie w 1619 morskiego szlaku mangazejskiego (powodem było uniemożliwienie kupcom zachodnioeuropejskim dotarcia do Syberii) oraz wielki pożar miasta w tym samym roku. W tej sytuacji aprowizacja osady i dostarczanie towarów handlowych, i tak utrudnione przez ciężkie warunki klimatyczne, stały się bardzo trudne. W dodatku w okolicy wytrzebiono większość zwierząt futerkowych, upadł więc także handel futrami. Ostateczny upadek miasta nastąpił po kolejnym pożarze odbudowanej osady, w 1642.