Od 30 kwietnia 1945 rozpoczął pracę na stanowisku szefa Oddziału Wewnętrznego Szpitala Okręgowego nr 5 Wojska Polskiego w Krakowie (do 27 marca 1947). W tym czasie podjął również decyzję o zmianie nazwiska z Frydman na Chlebowski. Następnie przeniósł się do Łodzi, gdzie pełnił funkcję szefa oddziału Wewnętrznego Szpitala Klinicznego WP do 3 grudnia 1947. Habilitował się w 25 czerwca 1948 na AM w Łodzi. W 1954 uzyskał tytuł profesorski. Od 1951 był współorganizatorem i uczestnikiem odbudowy AM w Białymstoku, a także kierownikiem II Kliniki Chorób Wewnętrznych AM w Białymstoku. Wstawił się za jedną ze swoich studentek, usuniętą z uczelni w 1953 na wniosek komisji dyscyplinarnej za zatajenie przynależności do podziemia antyhitlerowskiego. Podczas obrad komisji odwoławczej jako jedyny stanął w obronie studentki, dzięki czemu zachowała ona prawa studenckie. W latach 1957–1959 piastował funkcję prorektora uczelni, a w latach 1959-1962 jej rektora.
Usunięty z uczelni na fali „wydarzeń marcowych”. 22 kwietnia 1968 odbyło się otwarte zebranie organizacji partyjnej, w którym uczestniczyli wszyscy pracownicy i studenci uczelni. W dokumentacji AM w Białymstoku znajduje się pismo Komitetu Uczelnianego PZPR z dnia 23 kwietnia 1968, o następującej treści: