Sezon 1997/1998 Capucho rozpoczął jako zawodnik FC Porto. W nowym klubie wywalczył sobie miejsce w podstawowej jedenastce i w debiutanckim sezonie wystąpił w 32 pojedynkach pierwszej ligi. Razem z Porto sięgnął po tytuł mistrza Portugalii, sukces ten powtórzył również w sezonie 1998/1999, a trzeci tytuł mistrzowski wywalczył w sezonie 2002/2003. Oprócz tego portugalski pomocnik razem z Porto cztery razy zdobył Puchar Portugalii oraz Superpuchar Portugalii. Łącznie dla zespołu „Smoków” rozegrał 188 spotkań w rozgrywkach pierwszej ligi portugalskiej i zdobył 32 gole.
Latem 2003 roku Capucho opuścił Portugalię i przeniósł się do występującego w Scottish Premier League Rangers. W sezonie 2003/2004 w 22 ligowych występach strzelił 5 bramek i zdobył wicemistrzostwo Szkocji. Po zakończeniu rozgrywek Portugalczyk odszedł do Celty Vigo, z którą zajął drugie miejsce w Segunda División i awansował do Primera División. Capucho wystąpił w 19 ligowych spotkaniach Celty, po czym zakończył piłkarską karierę.