W trudnym czasie niemieckiej okupacji prowadził ofiarną działalność charytatywną a pracę duszpasterską dostosował do nowych potrzeb. W kazaniach budził ducha patriotyzmu i nadziei. Ks. Pawłowski postarał się o nominację na kapelana Polskiego Czerwonego Krzyża i dzięki temu uzyskał prawo wstępu do obozów jenieckich. Dostarczał jeńcom cywilne ubrania, ułatwiał im ucieczkę, udzielał duchowej pociechy. Wiadomo, że ukrywał chorych i rannych członków organizującego się polskiego podziemia zbrojnego.
Męczeństwo Pomagał wszystkim potrzebującym bez względu na narodowość czy wyznanieKuria Diecezjalna Kielce, dnia 19 grudnia 2001 r.. Jego działalność zwróciła uwagę okupantów niemieckich, w efekcie został aresztowany 10 lutego 1941 i umieszczony w kieleckim więzieniu. 15 kwietnia wywieziono go do niemieckiego obozu koncentracyjnego Auschwitz-Birkenau w Oświęcimiu. Otrzymał tam numer obozowy 13155. 4 maja 1941 przewieziono go do obozu koncentracyjnego w Dachau, gdzie otrzymał numer obozowy 25286 i tam 9 stycznia 1942 został straconyOficjalny dokument niemiecki (Sterbeurkunde) wydany 16 września 1943 przez USC w Dachau informuje, że śmierć ks. Józefa Pawłowskiego nastąpiła 9 stycznia 1942..
Arcybiskup Kazimierz Majdański – tak relacjonuje ostatnią wypowiedź ks.