W 1347 r. ponownie udał się do Awinionu wraz z krakowskim biskupem elektem, Piotrem z Falkowa. O zaradności Bodzęty świadczy sposób, w jaki został biskupem. W czasie pobytu w Awinionie, 6 czerwca 1348 r. zmarł biskup Piotr. Bodzęta w ciągu tygodnia (13 czerwca) wystarał się o nominację u papieża Klemensa VI na następcę zmarłego biskupa. Pomógł sobie, dokonując manipulacji. Wykorzystał fakt, że w Awinionie przebywali dwaj kanonicy krakowscy (na dodatek współrodowcy Bodzęty: Mikołaj z Młynów i Werner z Chmielnika), którzy, zastępując całą kapitułę, dokonali wyboru Bodzęty.
Po powrocie do kraju udało mu się dość szybko ułagodzić niezadowolenie pozostałych członków kapituły krakowskiej. Trudniej poszło nowemu biskupowi z królem Kazimierzem Wielkim. Niechęć władcy wobec Bodzęty wynikała z tego, że miał on swojego kandydata na biskupi stolec, kanclerza wielkopolskiego Ottona herbu Lis. Stosunki pomiędzy biskupem a królem nie układały się pomyślnie. Nie dość, że Bodzęta został biskupem wbrew woli władcy to jeszcze uważał, że król narusza immunitet ekonomiczny biskupstwa krakowskiego i nie omieszkał mu tego już w 1349 r. wypowiedzieć. Ważnym narzędziem króla w stosunkach z duchowieństwem było swobodne dysponowanie dziesięciną, czyli przeznaczanie jej dla wybranego przez płacącego, a nie przez biskupa, kościoła.