W roku 1659, w czasie potopu szwedzkiego, miasteczko zostało spalone przez Szwedów, a ludność opuściła miasto. Po pięciu latach (po roku 1664) miasto zaczęło się powoli odbudowywać (nie sprzyjały temu wojny) i ponownie zaludniać. Po I rozbiorze Polski we wrześniu 1772 roku miasto zostało wcielone do Prus. Rozpoczął się okres powolnej germanizacji, przerwany na czas przynależności do polskiego Księstwa Warszawskiego w l. 1807-1815. Ważnym wydarzeniem dla Kurzętnika było utworzenie z dniem 1 października 1858 roku prywatnego Instytutu Przygotowawczego Chłopców do Gimnazjum i Szkół Realnych. W 1868 przeniesiono je do pobliskiego Nowego Miasta. W 1905 roku Kurzętnik utracił prawa miejskie. Po I wojnie światowej traktatem wersalskim z dnia 28 czerwca 1919 roku powiat lubawski wraz z Kurzętnikiem został przyznany Polsce.
Tuż po wybuchu II wojny światowej aresztowano miejscowego proboszcza, a plebanię zamieniono na tymczasowe koszary. Na terenie parafii (Krzemieniewo) mieścił się podobóz niemieckiego obozu koncentracyjnego Stutthof.