W 1991 przeprowadzono pierwsze wolne wybory do parlamentu; komuniści zdobyli w nich 57% głosów. Majątek należący do państwowych gospodarstw rolnych został rozdzielony między chłopówT. Czekalski, Albania, s. 206.. 29 kwietnia 1991 parlament albański zmienił nazwę kraju na Republika Albańska, pierwszym prezydentem ogłosił Alię, jak również zmienił konstytucję Albanii, wprowadzając podział władzy i poszerzając zakres swobód obywatelskich. 30 września 1991 przegłosowano ustawę, na mocy której z więzień zwolnieni zostali więźniowie polityczni, z wyjątkiem tych którzy dopuścili się aktów terroru z ofiarami śmiertelnymi. Alia do 3 kwietnia 1992 roku pozostawał prezydentem Albanii.
Aresztowany 20 sierpnia 1993 i skazany 2 lipca 1994 na osiem lat pozbawienia wolności za zbrodnie przeciwko ludzkości. Odzyskał wolność ostatecznie w 1997.
Był żonaty (żona Semiramis), miał troje dzieci.
Zmarł w sanatorium w Tiranie, w wyniku problemów z układem oddechowym..