W niepodległej Białorusi Po dojściu do władzy Aleksandra Łukaszenki państwo rozpoczęło nieustanny nacisk na prasę opozycyjną i białoruskojęzyczną. Przeciwko „Naszej Niwie” wytoczono sprawę z powodu posługiwania się przez nią tzw. klasycznymi zasadami pisowni języka białoruskiego („taraszkiewicą”). W 1998 r. Najwyższy Gospodarczy Sąd Białorusi uznał, że gazeta ma prawo posługiwać się taką pisownią.
W listopadzie 2005 „Nasza Niwa” razem z szeregiem innych niepaństwowych wydawnictw została usunięta z katalogu czasopism dostępnych w prenumeracie RUP „Biełposzta”. Od tego czasu gazeta zmuszona była zwracać się o pomoc w kolportażu do swych entuzjastów i wolontariuszy. W 2006 w niektórych miastach Białorusi odbył się szereg flash mobów poparcia dla gazety. W końcu listopada 2008, na fali tzw. liberalizacji i poprawy stosunków Łukaszenki z Zachodem, pojawiła się informacja o możliwym powrocie gazety do państwowej sieci dystrybucji i do katalogu prenumeraty „Biełposzty”. 4 grudnia 2008 gazeta pojawiła się w swobodnej sprzedaży w kioskach. Tygodnik po raz pierwszy wydrukowano w kolorze. Również od tego numeru „Nasza Niwa” zaczęła posługiwać się oficjalną, tzw. „akademicką” pisownią języka białoruskiego (jak określiła sama redakcja – „szkolną”).