Mimo to OSS prowadziło swą działalność jeszcze do 12 stycznia 1946.

Część pracowników cywilnych i wojskowych OSS, a było ich 1362 osoby, przeniesiono do Tymczasowej Służby Badań i Wywiadu podległej Departamentowi Stanu USA, resztę personelu – 9028 osób, przeniesiono do nowo utworzonej Jednostki Służby Strategicznej – (Strategic Service Unit – SSU), która następnie przemianowana została na Centralną Agencję Wywiadowczą.

Donovan występował jako oskarżyciel pomocniczy w kilku procesach przed Trybunałem Norymberskim. W latach 1949–1952 był członkiem Amerykańskiego Komitetu do Zbadania Zbrodni Katyńskiej. W sierpniu 1953 został mianowany ambasadorem USA w Tajlandii, wycofał się 18 miesięcy później ze względu na zły stan zdrowia.

Zmarł 8 lutego 1959 w sanatorium wojskowym w Waszyngtonie. Gdy ówczesny prezydent USA Dwight Eisenhower, dowiedział się o jego śmierci, krzyknął – Cóż to był za człowiek! Straciliśmy ostatniego bohatera! Został pochowany na Narodowym Cmentarzu w Arlington w stanie Wirginia.