II wojna światowa thumb|Wejście na boisko trzebińskiego „Sokoła”, ok. 1935 rok. Już 1 września Trzebinia została zbombardowana przez lotnictwo niemieckie. W początkach kampanii wrześniowej broniła tych terenów, będąca w odwrocie ze Śląska, Grupa Operacyjna „Śląsk”, stanowiącą część Armii Kraków. Opór wojsk polskich został szybko przełamany i już 5 września Niemcy dokonali pierwszych egzekucji, zarówno wśród ludności żydowskiej, stanowiącej wówczas pokaźny odsetek mieszkańców, jak i polskiej. 9 października Trzebinia została włączona do III Rzeszy, a granica z Generalnym Gubernatorstwem przebiegła nieopodal w Dulowej. Podczas wojny na terenie Trzebini zostały zlokalizowane dwa obozy jenieckie, trzy obozy pracy, a także podobóz podległy Auschwitz-Birkenau. Ogólnie podczas wojny, wskutek eksterminacyjnej polityki niemieckiego okupanta, życie straciło ok. 2 tys. trzebinian, co stanowiło ok. 1/3 ogółu ówczesnych mieszkańców miasta. W 1941 powstał zakład gumownia, szyjący wówczas mundury dla wojska niemieckiego. 7 sierpnia 1944 roku US Air Force w ramach Operacji Frantic zbombardowały trzebińską rafinerię, podczas działań zginęło kilkanaście osób. 23 stycznia 1945 r. do Trzebini wkroczyła Armia Czerwona.