W trakcie sezonu 2005/2006, w styczniu 2006 roku portugalski zawodnik został wypożyczony do Gil Vicente. Tam wywalczył sobie miejsce w podstawowym składzie i zajął w ligowej tabeli 12. miejsce. Klub został jednak zdegradowany do drugiej ligi z powodu tzw. sprawy Mateusa polegającej na nieprawidłowościach przy podpisywaniu kontraktu z angolskim graczem. Działacze Gil Vicente wykupili Pereirę na stałe i Portugalczyk był podstawowym graczem zespołu w rozgrywkach Liga de Honra.
Latem 2007 roku Pereira zdecydował się na powrót do pierwszej ligi i podpisał kontrakt ze Sportingiem Braga, gdzie na prawej obronie miał zastąpić Luísa Filipe. Razem z nowym klubem Pereira dotarł do 1/16 Pucharu UEFA, w której Braga została wyeliminowana przez Werder Brema. Z Bragą Pereira nie odnosił żadnych sukcesów i przez 2,5 roku rozegrał dla niej 66 spotkań w rozgrywkach Primeira Liga.