Dubnow aktywnie uczestniczył w społecznym i politycznym życiu Imperium Rosyjskiego. Postulował modernizację żydowskiej edukacji, organizowanie oddziałów samoobrony przeciwko antyżydowskim pogromom. Wzywał także do przyznania Żydom pełni praw, włączając w to prawo wyborcze. W 1906 roku zezwolono mu na powrót do Sankt Petersburga, gdzie założył Żydowskie Towarzystwo Historyczno-Etnograficzne. Wydawał tam również kwartalnik „Jewriejskaja Starina” (lata 1909-1918). Także w 1906 roku założył Żydowską Partię Ludową, w której główną ideologią był żydowski autonomizm. Ta koncepcja Dubnowa była głoszona przez ruch fołkistowski, który z powodzeniem wysuwał kandydatów w wyborach parlamentarnych i lokalnych w międzywojennej Litwie i Polsce. Od 1917 roku Dubnow był wykładowcą w petersburskim Instytucie Studiów Żydowskich.
W 1922 roku wyemigrował do Kowna, a później znalazł się w Berlinie. Jego głównym dziełem z tamtego okresu było dziesięć tomów Historii narodu żydowskiego, po raz pierwszy opublikowane w Niemczech w latach 1925-1929.