Lata 90. W pierwszej połowie lat 90. RPR uczestniczyło w rządzie należącego do tej partii Édouarda Balladura. W 1995 partia po raz trzeci z rzędu wystawiła swojego lidera w wyborach prezydenckich (który dotąd przegrywał w 1981 i 1988). Jednocześnie część działaczy i koalicjanci z UDF opowiedzieli się za kandydaturą urzędującego premiera. Po zwycięstwie Jacques’a Chiraca, pełniącego funkcję mera Paryża, gaulliści współtworzyli nowy gabinet, na czele którego stanął Alain Juppé. Przeprowadzone dwa lata później przedterminowe wybory parlamentarne zakończyły się porażką centroprawicowego bloku.
W 1999 w partii doszło do rozłamu, kiedy to skupieni wokół Charles’a Pasqua działacze wystawili własną listę w wyborach do Parlamentu Europejskiego pod nazwą Zgromadzenie na rzecz Francji i Niezależności Europy. Grupa ta po dobrym wyniku wyborczym wystąpiła z RPR, tworząc eurosceptyczne Zgromadzenie na rzecz Francji. W tym samym roku Zgromadzenie na rzecz Republiki przystąpiło w PE do grupy Europejskiej Partii Ludowej i Europejskich Demokratów.