W 1692 r. z polecenia biskupa Małachowskiego zaczęto organizować gimnazjum akademickie liczące siedem klas. Nauczaniem zajęli się klerycy i misjonarze św. Wincentego à Paulo, a szkoła uzyskała określenie Akademii Chełmińskiej. Gimnazjum wzorowało się organizacyjnie na Gimnazjum Nowodworskiego w Krakowie i Gimnazjum Lubrańskiego w Poznaniu. W 1756 roku gimnazjum nawiązało współpracę z Akademią Krakowską, a oficjalnie w 1758 roku, jako autonomiczna kolonia akademicka pod zarządem Rady Miasta Chełmna. Od tego roku na stałe w Akademii wykładali profesorowie z Krakowa. W tym też roku zmieniono szyld Akademii, z SIGILLUM ANTIQUISSIMAE ACADEMIAE CULMENSIS FILIAE BONONIENSIS (od łac. nazwy Bolonii) na SIGILLUM INLCYTAE ACADEMIAE CULMENSIS. Funkcjonowały tu dwa kursy uniwersyteckie: filozofia i prawo. Na potrzeby dydaktyczne rozbudowano także budynek.
Akademia Chełmińska, uważana była w I Rzeczypospolitej XVIII wieku za jedną z najważniejszych i najznamienitszych, a jej studentami byli przedstawiciele wszystkich województw i wszystkich stanów. W 1779 r. nastąpiło wymuszone przez władze pruskie (po I rozbiorze), zerwanie kontaktów z Akademią Krakowską, co spowodowało upadek Akademii Chełmińskiej w 1818 roku.
Na jej miejscu w 1818 r. powstało pruskie gimnazjum, w którym językami wykładowymi były języki polski i niemiecki.