Do tej części budynku wiodło wejście od strony wschodniej, podczas gdy wejście do bóżnicy prowadziło od strony zachodniej.
Usytuowanie głównej sali modlitewnej było zapewne podyktowane względami bezpieczeństwa, gdyż bożnica znajdowała się w miejscu szczególnie ruchliwym, tuż obok bramy miasta żydowskiego i blisko domów chrześcijańskich.
Krakowska Synagoga Wysoka ma swoją odpowiedniczkę w Pradze. Wzniesiona w 1568 Synagoga Wysoka w Pradze miała taki sam wygląd, nosi taką samą nazwę.
XVII w. W 1657 roku podczas potopu szwedzkiego synagoga została zdewastowana. Po tych wydarzeniach została wyremontowana i zyskała bogate wyposażenie.
XIX w. W XIX wieku nazwa ulicy, przy której zlokalizowana była bóżnica, ulegała zmianom. Początkowo nosiła nazwę ulicy Chrześcijańsko-Żydowskiej, a potem została ulicą Józefa, przy czym jej wschodnią część nazywano ulicą Wysoką. Pod koniec lat 80. XIX w. bóżnicę połączono z sąsiednim budynkiem. Na piętrze owej sąsiedniej kamienicy utworzono dwie sale modlitewne: od strony południowej dla kobiet, a od strony północnej dla mężczyzn. Parter nowego budynku zajęła modlitewnia bractwa Ner Tamid. W 1897 dołączono małą przybudówkę, w której utworzono kolejną modlitewnię dla kobiet, a także pomieszczenia dla scholara i stróża. Przez długi czas sklepy ulokowane na parterze były własnością prywatną.