Obecny kościół pw. Narodzenia NMP powstał w latach 1885–1892 w stylu neorenesansowym. Budowy kościoła podjął się proboszcz Marceli Żabicki. Autorem projektu był Franciszek Pavoni, włoski zakonnik, przełożony dominikanów w Krakowie. W roku 1915 świątynia uległa poważnym zniszczeniom w wyniku działań wojennych. Odbudowano ją w latach 1921–1932. W latach 2000–2003 miała miejsce renowacja kościoła.

23 maja 2009 roku, decyzją Watykanu kościół pod wezwaniem Narodzenia Najświętszej Maryi Panny w Gorlicach został bazyliką mniejszą. Uroczysty akt nadania wręczył biskup Kazimierz Górny, ordynariusz diecezji rzeszowskiej.

Figura Pana Jezusa w Więzieniu W bocznej nawie kościoła znajduje się naturalnych rozmiarów (164 cm wysokości) figura przedstawiająca Chrystusa Ubiczowanego. Ta barokowa figura jest wykonana w drewnie i przedstawia postać ubiczowanego Chrystusa przywiązanego do słupa. Nie wiadomo kto był jej twórcą, przyjmuje się, że powstała w połowie XVII wieku.